Nu gaan we iets dergelijks doen maar dan met verlies voor muziekbestanden. Hier gebeurt er totaal wat anders dan bij een lossless compressie. Lossy compressie gaat uit van zogenaamde perceptual noise shaping wat inhoudt dat er een rekenformule wordt gebruikt om de compressie uit te voeren die van een paar regels uitgaat. Die regels zijn dat a) het menselijk gehoor bepaalde geluiden niet kan horen, dat b) een hard geluid een gelijktijdig klinkend zacht geluid altijd overstemd en dat er c) bepaalde geluiden zijn waarvoor het menselijk gehoor heel gevoelig is. Het resultaat van een berekening van een geluidsfragment met behulp van de perceptual noise shaping formule is dat onhoorbare geluiden, bepaalde zachte geluiden ten tijde van harde geluiden worden weggefilterd terwijl de geluiden waar de mens gevoelig voor is, altijd in tact blijven. Het resultaat is een MP3 bestand.

We gaan nu terug naar de compressiefactor. Dit is de verhouding tussen de grootte van het originele bestand en dat van het gecomprimeerde bestand. Voor lossless formaten geldt hier een optimum dat wordt aangegeven door de tijd en dus computercapaciteit die nodig is om het bestand te comprimeren en uiteraard bij het afspelen weer uit te pakken. Een hoge compressie factor voor bijvoorbeeld een lossless FLAC bestand geeft wel een klein bestand, maar als het comprimeren en uitpakken heel lang duurt heeft dat weer andere nadelige gevolgen. Vooral bij het uitpakken wat gebeurt tijdens het afspelen kan de computer het zo druk krijgen met uitpakken, dat dat hoorbare effecten op de spelende muziek heeft. Kliks en plotselinge stiltes zijn dan het gevolg.

Een hoge compressiefactor voor muziekbestanden in een lossy formaat als MP3 heeft een iets ander effect. De muziek wordt nog vlakker en levenlozer en het onderscheid tussen instrumenten, hun timbre, verdwijnt. Daarom is het MP3 formaat ook meer geschikt voor muziek die er speciaal rekening mee houdt dat er gecomprimeerd gaat worden. Een vette electronische beat heeft weinig last van een hoge compressie terwijl klassieke muziek er sterk onder lijdt.